Hekkebestanden av kongeørn i Norge ble beregnet til å være mellom 1100 og 1500 par i 2008. Regner vi med ikke-hekkende fugler er den totale kongeørnbestanden 2000 - 2800 individer om våren. Bestanden har trolig vært tilnærmet stabil de siste 20 årene, selv om det er meldt om en viss bestandsøkning i noen områder.

Selv om bestandsutviklingen har vært positiv er kongeørna sårbar for oppdeling og reduksjon av leveområdene. Kongeørn krever uforstyrrede hekkeplasser og store territorier. Dette gjør den sårbar for inngrep i leveområdet. I den perioden kongeørna har egg er den spesielt følsom for forstyrrelser. Siden denne perioden oftest sammenfaller med folks påskeutfart, hender det at hekkingen mislykkes.

Endret arealbruk og fysiske inngrep knyttet til hekkeplass og territorier er faktorer som har negativ innvirkning på forekomsten av kongeørn. Eksempler på slike inngrep er veibygging, bebyggelse, kraftledinger og vassdragsreguleringer.

Faunakriminalitet i form av reirplyndring, skutte kongeørner, forsøk på å fjerne reir og å skremme bort hekkende par forekommer hvert år. Det er usikkert om dette påvirker bestanden av kongeørn.

De senere årene har forvaltningen hatt økt oppmerksomhet på oppdeling og reduksjon i leveområder og hvilke konsekvenser dette har for arter og bestander. Bevisstgjøring og bedre kunnskap om påvirkning og forstyrrelser i hekketiden, samt overvåking og oppsyn av hekkelokaliteter er viktige tiltak for å bevare bestanden av kongeørn.

I enkelte fagmiljøer er det utrykt en viss bekymring for den mulige negative innvirkningen vindmølleparker i nordlige deler av Norge kan ha på bestanden av kongeørn.

Kongeørn står på Bonnkonvensjonens liste II.