I norske innsjøer er det noe forhøyede nivåer av tungmetallene bly, kadmium og kvikksølv i bunnsedimentene. Generelt er nivåene høyest i sørlige deler av landet. Av metallene er det kvikksølv som er funnet i høyest nivåer i fisk.

Mange innsjøer er undersøkt for velkjente organiske miljøgifter som PCB, DDT og dioksiner. De siste årene er også nivåene av nyere organiske miljøgifter som bromerte flammehemmere, PFAS, klorerte parafiner og bisfenol A undersøkt. Generelt sett har de aller fleste norske innsjøer lave nivåer av organiske miljøgifter. Noen innsjøer har høye nivåer av organiske miljøgifter som PCB og bromerte flammehemmere. Dette er i hovedsak innsjøer som påvirkes av lokale punktkilder.

Til tross for at tilførslene av kvikksølv har gått noe ned, viser nye undersøkelser mer kvikksølv i abbor og ørret fra innsjøer i Sørøst-Norge enn tidligere. Konsentrasjonen av kvikksølv i abbor økte i gjennomsnitt med 63 prosent fra 1991 til 2008. Årsakene til denne økningen er foreløpig ikke klarlagt, men Klif har i 2009 og 2010 gjennomført undersøkelser av kvikksølv i ferskvannsfisk for å få mer informasjon om utviklingen.

Miljøovervåking har vist at i noen innsjøer, som Mjøsa på Østlandet og Ellasjøen på Bjørnøya, forsterkes de organiske miljøgiftene i næringskjeden. Her finner vi til dels høye nivåer av miljøgifter hos dyr øverst i næringskjeden. Ørret både i Mjøsa og Ellasjøen har høye nivåer av PCB. I Mjøsa er det også funnet høye nivåer av bromerte flammehemmere og klorerte parafiner. Miljøovervåking i Mjøsa viser nå en gledelig nedgang av de organiske miljøgiftene i innsjøen 

Tungmetaller som bly og kadmium utgjør et mindre problem i denne sammenhengen, fordi de i liten grad overføres fra sedimentet til næringskjeden.

Miljøgifter tilføres norske innsjøer enten via luftstrømmer eller lokale utslipp. Kostholdsrådene for kvikksølv skyldes for det aller meste langtransporterte tilførsler. Mjøsa er i en særstilling blant norske innsjøer, siden det har vært lokale tilførsler av både kvikksølv, PCB og bromerte flammehemmere.

De høye nivåene av miljøgifter i Ellasjøen på Bjørnøya skyldes hovedsaklig avføring fra sjøfugl som fanger fisk ute i havet. Til dels mye nedbør over Ellasjøen er også en grunn til de høye nivåene av miljøgifter som finnes her.

Flere miljøgifter er forbudt eller strengt regulert. Dette gjelder for eksempel tungmetaller, PCB, DDT, lindan og flere bromerte flammehemmere. Når en miljøgift som er tungt nedbrytbar forbys, tar det lang tid før nivåene i naturen synker.

I noen tilfeller ser vi tydelig effekt av tiltak. Dette gjelder for eksempel for bly. Tiltak for å redusere bruken av bly i bensin både i Norge og i Europa har ført til en merkbar forbedring i tilstanden her til lands.

Tilførslene til Mjøsa av PCB, kvikksølv og bromerte flammehemmere fra lokale punktkilder er stanset, men på grunn av stoffenes egenskaper vil det ta lang tid før nivåene av disse miljøgiftene reduseres vesentlig i næringskjeden.